Pohjavesinäytteenotto on itsenäistä ja vastuunalaista työtä, jossa näytteenottaja joutuu ottamaan vastuun myös käytännön työturvallisuudesta. Hankalat olosuhteet näytteenottotilanteissa voivat altistaa näytteenottohenkilöstön turvallisuus- ja terveysriskeille. Esimiehen tulee varmistaa, että näytteenottohenkilöstölle tiedotetaan näytteenottoon liittyvistä varotoimista ja työturvallisuusasioista ja että näytteenottohenkilöstö tuntee työturvallisuusasiat.
Terveys- ja turvallisuussäännösten vaatimuksiin on kiinnitettävä huomiota ja onnettomuuksien varalta on suojauduttava. Usein toistuvissa seurantatutkimuksissa on tärkeää, että näytteenottopaikalle on turvallinen pääsy kaikissa sääolosuhteissa. Lisäksi on huomioitava, että talvella on liukastumisen riski raskasta kalustoa kannettaessa. Näytteenottoa vaarallisilta paikoilta ja vaarallisista kohteista on vältettävä. Jollei tämä ole mahdollista, tulisi näytteenotossa olla mukana useampi henkilö.
Sähkökäyttöisten näytteenottolaitteiden käyttö sateessa tai muuten kosteissa olosuhteissa voi aiheuttaa sähköiskuvaaran. Vaaran minimoimiseksi työskentelymenetelmät, työmaan suunnittelu ja laitteiden huolto on suunniteltava huolellisesti.
Pohjaveden likaantumistapauksia selvitettäessä on näytteenoton aikana vaarallisten aineiden päästämistä yleisiin viemäreihin kontrolloitava siten, ettei näytteenottohenkilöstölle, viemäreille ja käsittelytoimenpiteille aiheudu haittaa. Mikäli havaintoputkessa saattaa olla myrkyllisiä haihtuvia kaasuja, on suojauduttava asianmukaisin suojavarustein sekä lisäksi vältettävä ihon kautta tapahtuvaa altistumista näille kaasuille. Joissakin tapauksissa myrkylliset kaasut saattavat aiheuttaa myös räjähdysvaaran.
Mikäli näytteitä otetaan umpinaisessa tilassa, tulee ennen näytteenottoa selvittää mahdollisesti myrkyllisten tai tukehduttavien kaasujen ja höyryjen sekä hapen konsentraatiot kyseisessä tilassa.
Näytteenottotyön sekä siihen liittyvien toimintojen työturvallisuutta on käsitelty pohjavesinäytteenoton osalta ympäristöministeriön julkaisemassa työsuojeluoppaassa.